分析单细胞转录组测序的软件和方法有很多，最流行的莫过于Seurat包，可以完成单细胞分析整个流程，我们整个教程也是基于R语言Seurat包来实现的，所以首先安装包：

单细胞文件形式各式各样，但是最终分析需要的目的文件是一个矩阵，行位基因，列为细胞。这里我们介绍几种常见的文件形式，将他们读入R，并构建可以后续处理的Seurat对象。

1、10X单细胞测序文件

这应该是最常见的，一般10X下机。经过前期处理后，我们拿到手的可有用于后续分析的文件包含三个，第一个是barcode文件，一个是gene文件，一个是matrix文件。10X单细胞测序，公共数据库上传的数据也会包含这三个文件。使用Read10X函数读入文件，三个文件包含在同一文件夹，需要注意的是要将feature那个文件命名为genes。

先下载Cell文章（从Cell学单细胞转录组分析(一):开端！！！）中的数据。因为原文有很多样本，这里我们只下载6例作为演示。GEO数据库检索下载。

每个样本包含三个文件，这是标准的10X文件。解压文件，每个样本新建一个文件夹。